Cílem povinného předmětu hudební výchova (prima až kvarta) a předmětu dějiny hudby (kvinta a sexta) je prohlubovat u studentů vztah k hudbě, zvláště k lidové a umělé písni a seznamovat studenty s osobnostmi české a světové hudby formou poslechu jejich děl a informací o jejich životě.

Studenti jsou po celou dobu studia hudby pozvolna a podrobně seznamováni s vývojem hudby ve světě i v našich zemích s přihlédnutím k vývoji křesťanské hudby v rámci evropské křesťanské kultury.

Studenti mají také možnost stát se členy pěveckého sboru gymnázia, který školu reprezentuje při slavnostních akcích, festivalech, přehlídkách, mších apod. a navštěvovat Komorní orchestr Církevního gymnázia, který sdružuje muzikanty ze všech ročníků naší školy. V repertoáru jsou upravené skladby především 19. a 20. století.