Sekce přírodních věd sdružuje vyučující biologie, chemie a fyziky. Koordinuje výuku v těchto předmětech, výběr učebnic a vybavení kabinetů a odborných pracoven biologie, fyziky a chemie.
Již v prvém roce existence školy byla vybudována laboratoř chemie. V roce 2009 byla vybudovaná nová učebna a kabinet fyziky za podpory projektu ROP. Tím se výrazně zlepšilo zázemí pro fyzikální experimentování žáků nižšího i vyššího gymnázia. Díky novému vybavení tak žáci prim až kvart mohou absolvovat výuku vycházející z jejich vlastního experimentování doplněnou množstvím demonstračních pokusů. Naší specialitou je výroba „vědeckých hraček“ k probíraným tématům (optika, elektřina, těžiště a páka atd.), které žáci prezentují na školních fyzikálních výstavách. Velmi oblíbené jsou také prezentace pro rodiče a příznivce fyziky Primáni pokusují a Sekundáni pokusují, kde žáci předvádějí, co se za rok naučili. V roce 2011 byla inovována laboratoř biologie.
Studenti si v septimě volí přírodovědné nebo společenskovědní zaměření. V přírodovědné třídě mají studenti rozšířenou výuku biologie, chemie a fyziky s tříhodinovou týdenní dotací. V septimě a oktávě si mohou naši studenti vybrat volitelný předmět laboratorní práce. Tento předmět zahrnuje praktická cvičení z biologie, chemie a fyziky s dvouhodinovou dotací za týden. Také jim jsou nabídnuty další rozšiřující semináře.
Žáci prim navštěvují Planetárium v Praze. Žáci sekund se účastní týdenního astrokurzu. Pro studenty kvart pořádáme geologické exkurze, během kterých se studenti seznámí s geologickými jevy na území ČR. Pro studenty kvint pořádáme dvoudenní botanický kurz, kde studenti určují a popisují druhy rostlin v přírodě. Studenti septim absolvují komplexní přírodovědný kurz, který zahrnuje poznatky z biologie, fyziky a chemie, včetně praktických cvičení a exkurzí v terénu.
Již tradičně se naše škola zúčastňuje Dnů vědy a techniky v ulicích Plzně. Náš stánek, kde studenti našeho gymnázia předvádějí fyzikální pokusy, bývá po celé dva dny obležen kolemjdoucími návštěvníky. S naším „fyzikálním pokusováním“ se zúčastňujeme i Noci vědců. Videa z některých našich fyzikálních projektů je možné zhlédnout na Youtube. S videem Hejblata jsme dokonce vyhráli v roce 2012 jednu z cen na Filmfestu MFF UK. Naše „hejblata“ byla také v roce 2011 s úspěchem prezentována na evropském festivalu Science on Stage v Kodani, kde byla zařazena do Highlights of the festival, toho nejzajímavějšího z 300 zúčastněných projektů.
Od října 2013 se naše škola stala základnou regionálního centra projektu Elixír do škol. Centrum je „odnoží“ projektu Heureka, kde se už 20 let sdružují učitelé, kteří rádi učí fyziku „rukama a hlavou“, fyziku názornou, hravou, plnou bádání a objevování.