Sekce přírodních věd sdružuje vyučující biologie, chemie a fyziky. Koordinuje výuku v těchto předmětech, výběr učebnic a vybavení kabinetů a odborných pracoven biologie, fyziky a chemie.
Již v prvém roce existence školy byla vybudována laboratoř chemie. V roce 2009 byla vybudovaná nová učebna a kabinet fyziky za podpory projektu ROP. Tím se výrazně zlepšilo zázemí pro fyzikální experimentování žáků nižšího i vyššího gymnázia. Díky novému vybavení tak žáci prim až kvart mohou absolvovat výuku vycházející z jejich vlastního experimentování doplněnou množstvím demonstračních pokusů. Naší specialitou je výroba „vědeckých hraček“ k probíraným tématům (optika, elektřina, těžiště a páka atd.), které žáci prezentují na školních fyzikálních výstavách. Velmi oblíbené jsou také prezentace pro rodiče a příznivce fyziky Primáni pokusují a Sekundáni pokusují, kde žáci předvádějí, co se za rok naučili. V roce 2011 byla inovována laboratoř biologie.
Studenti si v septimě volí přírodovědné nebo společenskovědní zaměření. V přírodovědné třídě mají studenti rozšířenou výuku biologie, chemie a fyziky s tříhodinovou týdenní dotací. V septimě a oktávě si mohou naši studenti vybrat volitelný předmět laboratorní práce. Tento předmět zahrnuje praktická cvičení z biologie, chemie a fyziky s dvouhodinovou dotací za týden. Také jim jsou nabídnuty další rozšiřující semináře.
Žáci prim navštěvují Planetárium v Praze. Žáci sekund se účastní týdenního astrokurzu. Pro studenty kvart pořádáme geologické exkurze, během kterých se studenti seznámí s geologickými jevy na území ČR. Pro studenty kvint pořádáme dvoudenní botanický kurz, kde studenti určují a popisují druhy rostlin v přírodě. Studenti septim absolvují komplexní přírodovědný kurz, který zahrnuje poznatky z biologie, fyziky a chemie, včetně praktických cvičení a exkurzí v terénu.
Již tradičně se naše škola zúčastňuje Dnů vědy a techniky v ulicích Plzně. Náš stánek, kde studenti našeho gymnázia předvádějí fyzikální pokusy, bývá po celé dva dny obležen kolemjdoucími návštěvníky.
Videa z některých našich fyzikálních projektů je možné zhlédnout na Youtube. Fotogalerie z projektů jsou k nahlédnutí zde:
Účastníme se fyzikálních soutěží (např. Pohár vědy) a každoročně pořádáme pro žáky nižšího gymnázia Letní fyzikální týden. Jako lektoři na něm působí studenti vyššího gymnázia i naši absolventi.
Dlouhodobě se naše studenti věnují i "fyzikální hudbě". Našimi absolventy jsou i členové netradičního hudebního seskupení Flaškinet: